掏耳朵咳嗽属于一种正常的生理反射，并不是疾病，更不是异常。有一支从颅内发出来的神经叫迷走神经，迷走神经有一支分布到耳朵，走行在耳廓和耳道的皮肤中。当耳道皮肤受到刺激时，比如用比较尖锐的东西挖耳朵，或者用棉签清理耳道，特别是耳道下壁时，它就会刺激迷走神经耳支，引起反射性咳嗽。部分迷走神经分布在咽喉部，掏耳朵会刺激这部分神经引起咳嗽反射，属于一种正常的现象。
部分患者可能比较敏感，而部分患者神经分布不是很敏感，因此不是所有患者掏耳朵时都会有比较明显的咳嗽反射。有这种情况，通常并不是病态，只是部分患者在耳科大夫清理耳道或进行耳道内操作时，会有抑制不住的咳嗽反射，需要提起注意。如果患者咳嗽反射比较显，一碰耳道就会咳嗽，影响外耳道的操作，有时需要在皮肤表面进行表面的麻醉，才能够进行正常的外耳道操作。除此之外，一般对生活没有太大影响。